| Sumario: | Acinetobacter baumannii y Pseudomonas aeruginosa son bacilos Gram-negativos con múltiples factores de virulencia y mecanismos de resistencia antimicrobiana (RAM). Se sospecha que el aumento en la RAM se potenció durante la pandemia de COVID-19, asociado al aumento en el uso de antibióticos. Para comprender el impacto que la pandemia pudo tener en la resistencia y virulencia de estas especies a nivel genómico, se requiere utilizar tecnologías de secuenciación de genoma completo. El objetivo de este estudio fue determinar las diferencias en el resistoma, el viruloma, el fenotipo y la distribución clonal entre cepas de A. baumannii y P. aeruginosa resistentes a carbapenémicos antes y durante la pandemia. Se obtuvieron aislamientos clínicos de centros de atención COVID-19 de México antes (Enero-Marzo 2020) y durante la pandemia (Enero-Agosto 2021), con una n = 8 en cada grupo de A. baumannii y n = 7 para P. aeruginosa. Se realizaron pruebas fenotípicas de susceptibilidad a antibióticos y virulencia (producción de biopelícula y motilidad por contracción y por nado). Se extrajo el ADN genómico y plasmídico de cada cepa y se secuenció su genoma completo mediante Illumina Miseq. Se tipificó por secuencias multilocus y se identificaron los genes del viruloma, resistoma y los plásmidos. En ambas especies no hubo diferencia estadísticamente significativa en la expresión fenotípica de los factores de virulencia entre ambos periodos. A. baumannii fue generalmente resistente a todos los antibióticos evaluados, excepto colistina. P. aeruginosa mostró niveles intermedios de resistencia a aminoglucósidos, fluoroquinolonas, β-lactámicos y colistina. La distribución clonal fue igual entre ambos periodos; ST2 fue la secuencia tipo más frecuente en A. baumannii (6/8 antes, 4/8 durante) y P. aeruginosa tuvo carácter no-clonal. En cada especie, en ambos periodos se observaron los mismos perfiles genéticos de resistencia a antibióticos y de virulencia. En ambos periodos, la resistencia a carbapenémicos se explicó por genes blaOXA en A. baumannii y genes de bombas de eflujo en P. aeruginosa. Se detectaron los mismos tipos de linajes de plásmidos de A. baumannii en ambos periodos. No se detectaron plásmidos con genes de resistencia en P. aeruginosa.
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