Análisis del exoma de pacientes con enfermedades congénitas idiopáticas mediante secuenciación de nueva generación. - Rangel Sosa, Martha Monserrat (2017)
Introducción: Las anomalías congénitas son defectos estructurales, funcionales o bioquímicos que ocurren de manera Intrauterina, en 2015 fallecieron 303,000 niños en el período neonatal por anomalías congénitas. Debido a las limitaciones de los métodos convencionales, alrededor del 40- 60% de los casos son idiopaticos. Frente a esto, la secuencia de exoma completo representa un costo - beneficio en el diagnóstico que contiene el 85% de las mutaciones causantes de enfermedades. Objetivo: Identificar y caracterizar las alteraciones genómicas en pacientes con AC idiopáticas mediante secuenciación de exoma. Material y Métodos: Se prepararon las bibliotecas del exoma de 4 pacientes con anomalías congénitas y los padres de dos pacientes utilizando el kit TruSeq Rapid Exome. Se realizaron secuenciación por pares de 76 ciclos en el equipo MiSeq (lumina). Para el análisis de los datos se utilizaron el genoma de referencia hg19 y las plataformas BaseSpace, BWA Enrichment, GATK, VariantStudio y Variantnterpreter (beta), entre otros. Resultados: Se lograron identificar 3 mutaciones puntuales homocigotas en el gen SNRPA en los pacientes 1 y 2 que ocasionan un cambio en los aminoácidos (p.le33Ala y p.Phe34lle), ambos cambios fueron predichos como patogénicos por distintas plataformas bioinformáticas, debido a que ocasionan la ganancia de una región a-hélice; ambos padres fueron heterocigotos para estas 3 mutaciones. SNRPA no ha sido asociado a enfermedades, sin embargo, otros genes del empalme se han relacionado con desórdenes craneofaciales y esqueléticos. Se encontraron 2 mutaciones probablemente responsables del fenotipo del paciente 3, la primera, c.1069G C (p Asp357His) en el gen SPAG17 y la segunda, C.1415G> A (p Arg472Gin) en el gen WDR35. Ambas modifican la estructura secundaria de la protección (perdiendo y ganando una porción a-hélice, respectivamente) y se predice que son patogénicas. Mutaciones en WDR35 se han asociado a displasia craneoectodérmica, mientras que SPAG17 no se ha asociado a enfermedades; ambos genes están involucrados en las estructuras ciliares. Se descartó la presencia del síndrome de Marfan en el paciente 4, ya no presenta mutaciones patogénicas en FBN1, sin embargo presenta una delegación del marco de lectura (p Gin262del) en el gen MED15, el cual regía la vía de TGF-B, asociada a daños en el tejido conectivo y ojos, también se encontró una mutación en un sitio aceptor de empalme del gen ADAMTS4 (c 1736-2A> G), la cual probablemente está afectando el empalme del pre-RNAm y por lo tanto la proteina, mutaciones en la familia ADAMTS y entis, la cual está presente en el paciente Conclusión: Se realizó la secuenciación en ADAMTSL4 han sido asociados a una ectopia de exoma de 4 pacientes con anomalías congénitas, pudiendo determinar la causa del fenotipo de tres de ellos.