Identificación de genes regulados por RIM101 en Ustilago maydis - Franco Frías, Eduardo (2009)
Rim101 (PACC) es un factor transcripcional con dedos de zinc, cuya expresión es dependiente de pH alcalino. Su importancia radica en las funciones que regula, algunas de las cuales han sido descritas solamente en Ascomicetes y Deuteromicetes, incluyendo entre ellas: la síntesis de proteasas, proteínas de la pared celular, genes de floculación, ATPasas, factores de transcripción y regulación de virulencia. Estudios anteriores demostraron (por primera vez en un Basidiomiceto) la presencia de este gen (Rim101) en Ustilago maydis. Se encontró que la mutante nula para este gen estaba afectada en la respuesta a estrés iónico, estabilidad de la pared celular y en la morfología. Con el fin de estudiar la actividad regulatoria directa de este factor de transcripción se seleccionaron 5 genes anteriormente descritos como regulados por Rim101 en otros hongos: Ena1 (bomba de sodio), Lcc3 (lacasa ácida), Pbr1 (proteasa vacuolar), Smp1 (factor de transcripción) y Nrg1 (factor de transcripción). Se identificaron los genes de dos maneras: 1) In silico. Buscamos los genes homólogos en una base de datos, se crearon sondas utilizadas para identificar los genes en el genoma de U. maydis. Así se encontró el gen Nrg1 en una región no anotada del genoma. Una vez identificados los genes en el genoma de U. maydis, se diseñaron oligonucleótidos para cada gen. 2) In vitro: los oligonucleótidos fueron utilizados para analizar la expresión de los genes bajo diferentes condiciones de cultivo, variando el pH y la fuente de carbono (glucosa y glicerol). Nuestros resultados muestran una poco conocida regulación de la función de Rim101, y provee evidencias de la influencia de otros factores en la respuesta al pH de estos genes.