Identificación de posibles genes blanco de foxc1 en líneas celulares de cáncer de mama. - Camero Maldonado, Ana Victoria (2017)
INTRODUCCIÓN: FOXC1 es un factor de transcripción que se une a una secuencia core de 9 pb 5'-GTAAA(A/T/C)(A/T/G)-3', participa en el desarrollo embrionario y estimula la proliferación de células de cáncer humanas. Se ha demostrado la sobreexpresión de FOXC1 en cáncer de mama en especial en el subtipo basal (BLBC), en lesiones metastásicas y en pacientes con mal pronóstico. Sin embargo, no se conoce cuál es el efecto de FOXC1 en el BLBC a través de los genes que regula y las vías de señalización en las que participa. OBJETIVO: Realizar el silenciamiento o la sobreexpresión del factor de transcripción FOXC1 para determinar sus posibles genes blanco y su participación en el desarrollo neoplásico de mama. MATERIALES Y MÉTODOS: FOXC1 se silenció en la línea MDA-MB-231 de cáncer de mama triple negativo metastásico que sobreexpresa FOXC1, utilizando un siRNA pre-diseñado y el kit Silencer siRNA Transfection II (Ambion). Por otro lado, FOXC1 se sobreexpresó en la línea HCC1395 de cáncer de mama triple negativo primario que subexpresa FOXC1. Se aisló el RNA total, se cuantificó y se verificó su integridad, se comprobó el silenciamiento o sobreexpresión mediante qPCR. Se analizó el perfil de expresión utilizando microarreglos U133 Plus 2.0 (Affymetrix). Para el análisis de los datos y determinar genes diferencialmente expresados se utilizó el software Transcriptome Analysis Console (TAC) de Affymetrix. Se realizó un análisis en Panther para determinar funciones moleculares, procesos biológicos y vías de señalización. Se realizó una búsqueda en los promotores de los genes de sitios de unión a FOXC1 en tres programas o software: MatInspector (Genomatix), PATCH (Pattern Search For Transcription Factor Biding Sites) y JASPAR (2016). Finalmente, ya que se determinaron posibles genes blanco de FOXC1, se realizó un análisis de interacciones de todos los genes diferencialmente expresados tanto del silenciamiento como de la sobreexpresión de FOXC1 y se señalaron nuevas interacciones predichas in silico. RESULTADOS Y CONCLUSIONES: Identificamos al menos 56 genes regulados por FOXC1 y al menos 11 genes (CCL20, CXCL3, ADAM10 y KDR, GRK6, REL, MARCKS, MALAT1, HIBCH, FNDC3B y MDM2) potencialmente blanco de FOXC1, que participan en la inflamación, en el crecimiento de las células tumorales, en la invasión y la metástasis, en la producción de energía, la transición epitelio-mesenquimal e importantemente en la evasión de la apotosis, promoviendo la progresión del cáncer.